Mamíferos
Dentro de la clasificación de mamíferos podemos encontrar a los tlacuaches que habitan en las zonas de vegetación. De las nueve familias de murciélagos existentes en América ocho se encuentran en la selva lacandona.
El mono negro o saraguato y el mono araña, ambas especies de mamíferos juegan un papel importante en la dispersión de semillas de los árboles. Otra clase de mamíferos en la selva son: el armadillo común o de nueve bandas, el oso hormiguero arborícola y el oso hormiguero dorado o miquito dorado.
En la región se han registrado 15 especies de roedores como: el tepezcuintle, el guaque alazán, el puerco espín, el conejo tropical y las ardillas. De las seis especies de felinos reportadas en México, cinco fueron registradas en la selva: el yaguarundí o leoncillo, el tigrillo o margay, el ocelote, el puma y el jaguar.
También se han registrado la zorra gris, el cacomixtle, el mapache, el coatí, la martucha o mico de noche, la comadreja, el viejo de monte, el zorrillo espalda blanca, la nutria y dos especies de zorrillos, así como el tapir, el pecarí de collar, el pecarí de labios blancos, el venado temazate y el venado cola blanca.
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